В 1784 — 1787 гг. Хан-Сарай перестраивался и ремонтировался к приезду Екатерины II. Перестройки, искажавшие его облик, проводились и позднее. В 1960-х гг. была проведена научная реставрация, в результате которой восстановлен ряд архитектурных деталей и росписей Хан-Сарая.

Наиболее древним датированным памятником дворца принято считать Демир-Капу(в переводе - железная дверь) — портал с деревянной дверью, обитой железными полосами ручной ковки. Если верить преданию, что его перенесли из ханского дворца Ашлама-Сарай в Салачике, то возраст Хан-Сарая будет еще моложе.

Интересна история создания этого памятника. В 1499 г. великий князь Московский Иван III отправил в Италию послов, чтобы пригласить для строительства столицы зодчих. В июне 1503 г. они во главе с Алевизом Новым (по-итальянски — Альвизе Нови). прибыли в Крым, о чем Менгли-Гирей сообщил Ивану III. Здесь зодчие проработали почти целый год.

Портал сооружен из местного известняка. Он украшен резным орнаментом характерным для Италии эпохи Возрождения (цветы, дубовые листья и желуди, бусы), и восточным геометрическим орнаментом из вдавленных прямоугольников. Над дверью — арка, украшенная цветами и растительными завитками, а ниже, в круге, — велеречивая надпись: "Владетель этого жилища и царь этой области, султан величайший благороднейший Менгли-Гирей-хан, сын Хаджи-Гирей-хана, да простит аллах ему и его родителям в обоих мирах". В середине надписи — родовая тамга династии Гиреев, а под нею — еще одна, столь же панегирическая надпись: "Приказал построить этот величественный порог и эту возвышенную высочайшую дверь султан обоих материков и хакан обоих морей, султан, сын султана, Менгли-Гирей-хан, сын султана Хаджи-Гирей-хана, в 909 году" (1503). Через Демир-Капу послы и купцы, пробыв определенное время в Посольском садике, входили в Фонтанный дворик и направлялись на прием к хану.

Большая часть дворцовых сооружений, кроме Демир-Капу (портала Алевиза) и бани Сары-Гюзель, возводилась или перестраивалась на протяжении XVIII столетия. К их числу относится и фонтан Магзуб ("позолоченный"), который позднее стали называть "золотым". Своим названием он обязан золоченому резному орнаменту и двум надписям золотом по мрамору на арабском языке. Первая из них, сверх обыкновения лаконичная, гласит: "Каплан-Гирей-хан, сын Эльхадж-Селим-Гирей-хана, да помилует аллах его и родителей его, 1146 год" (1733). Ниже—подходящая к случаю строка из корана: "И напоит их аллах напитком чистым". В архитектуре фонтана сочетаются элементы итальянского Возрождения и турецкого барокко.

Позднее была возведена (точнее восстановлена после пожара 1736 г.) ханская соборная мечеть — Хан-Джами. Другое ее название Буюк-Джами (по-татарски "буюк" — большой). Действительно, это самая большая мечеть в Крыму. Из надписи над дверями главного входа следует, что построил ее хан Селямет-Гирей в 1740 г. Главный вход в мечеть (ныне закрытый) с северной стороны. Два других ведут в нее со двора.

В южной стене Хан-Джами — так называемый михраб, ниша, куда мусульмане обращались лицом во время намаза (молитвы) пять раз в день, стоя на коленях на специальном коврике—намазлыке. Ориентация михраба связана с тем, что в южном направлении находится город Мекка с главным храмом мусульман. Посредине михраба свисали три страусовых яйца. У мусульман бытует поверье, что самка страуса, снеся яйцо, должна сразу же посмотреть на него. Если же посмотрит в сторону, то яйцо превратится в болтун. Поэтому мусульмане во время молитвы должны смотреть на эти яйца, сосредоточив все свое внимание только на одном — на боге, не отвлекаясь ничем посторонним, иначе молитва не будет угодна аллаху. Справа от михраба помещается мимбер—кафедра, с которой по пятницам произносились проповеди (хутпе).

Второй этаж Хан-Джами образует маафиль—хоры, идущие вдоль трех стен (восточной, северной, западной) и предназначенные для молящихся. На правой стороне маафиля находится небольшая комната—молельня хана. Хан входил в нее со двора по деревянной лестнице. Окна Хан-Джами расположены в два яруса. Верхние состоят из разноцветных стекол с красивыми узорами. На некоторых из них — стихи из корана.

Над четырехскатной черепичной крышей возвышаются шестигранные тонкие минареты. Винтовые каменные лестницы выводят на круговые балкончики. Отсюда служители мечети муэдзины пять раз в день призывали верующих к намазу.

Ныне в верхней части Хан-Джами расположена экспозиция отдела археологии, а в нижней находится лапидарий — собрание каменных памятников с изображениями и надписями.

Годом позже, при том же Селямет-Гирее, была восстановлена домовая мечеть крымских ханов. На южной и западной стенах храма и в михрабе, во время реставрационных работ уже в наше время, были обнаружены остатки росписи XVI —XVII вв. Из этого можно заключить, что мечеть принадлежит к одной из ранних построек Хан-Сарая. Купол ее был расписан во второй половине XVIII в. персидским зодчим Омером. Росписи представляют собой исключительно растительные и геометрические орнаменты, так как ислам запрещает изображать одушевленные предметы.

В 1742 г., как явствует из строительной надписи, был восстановлен зал Дивана (зал совета и суда). О том, как выглядело это помещение до пожара, писал адъютант фельдмаршала Миниха Манштейн: "Стены зала были... выложены разноцветным фарфором, сам зал освещался окнами в два ряда. В верхнем ряду стекла были разноцветные, зеркальные, в виде больших четырехугольников. Нижние же окна, большей величины, были снабжены двойными ставнями, из которых внутренние были легкие, решетчатые, красиво выточенные из букового дерева, пропускавшие прохладу в зал". В центре стены, противоположной входной двери, стоял трон хана, обтянутый тонким оранжевым сукном с вышитым на внутренней спинке золотым полумесяцем. По обеим сторонам трона стояли обтянутые такой же тканью табуреты, а вдоль стен — диваны, на которых располагались приближенные хана.

Диван (совет) собирался под председательством хана или кого-либо из его ближайших родственников. В него входили феодалы, духовенство и диван-эфенди — секретарь совета. Диван заслушивал и в пределах своих полномочий решал все важнейшие вопросы внутренней и внешней политики Крымского ханства. Здесь же разбирались гражданские и уголовные преступления.

Над входом в зал вдоль стены расположена темная узкая комната, где, невидимый снизу, сидел хан, когда он по какой-либо причине не хотел присутствовать на заседании совета. Вследствие хорошей акустики хан слышал каждое слово.

При реставрации были обнаружены росписи XVI —XVIII вв. Следовательно, зал Дивана также представляет собой одну из ранних построек Хан-Сарая. Позднее, в начале XIX в., потолок зала был обтянут живописным полотном русскими мастерами, а центр его выложен красными и черными деревянными плитками.

С именами Крым-Гирея и его жены Диляры-Бикеч связано предание, которое послужило основой для поэмы А. С. Пушкина "Бахчисарайский фонтан", принесшей романтическую известность городу.

В 1764 г. умерла любимая жена хана красавица Диляра-Бикеч. Предание гласит, что в ее честь была сложена песня "Эльмас" (алмаз). Она была похоронена в мавзолее на кладбище в южной части Хан-Сарая. Дюрбе Диляры-Бикеч — восьмигранный мавзолей с куполом—первоначально было покрыто листами свинца. Купол венчал алем—золоченый кованый полумесяц на шарах. Внутри мавзолея надпись: "Молитва за упокой усопшей Диляры-Бикеч". Около дюрбе хан повелел соорудить фонтан, который питали несколько горных родников. Строил его уже упоминавшийся нами Омер. К приезду Екатерины II фонтан был перенесен во дворец.

На фонтане — две надписи. Верхняя из них гласит: "Слава всевышнему, лицо Бахчисарая опять улыбнулось; милость великого Крым-Гирея славно устроила. Неусыпными его стараниями вода напоила эту страну, а при помощи аллаха он успел бы сделать еще и больше. Он тонкостию ума нашел воду и устроил прекрасный фонтан. Если кто захочет (поверить), нусть придет; Мы сами видели Шам (Дамаск), Багдад. О шейхи! Кто будет утолять жажду (тому) пускай самый кран языком своим скажет хронограмму: Приди! Пей воду чистейшую, она приносит исцеление". Нижняя надпись представляет собой выдержку из корана: "Там (в райском саду) праведные будут пить воду из источника, называемого Сельсебиль"(Сельсебиль — один из райских источников, из которых, по верованию мусульман, пьют воду души праведников, павших за веру). Отсюда и первоначальное название фонтана — Сельсебиль (позднее "Фонтан слез").

События пушкинской поэмы протекают в основном на территории гарема — женской половины дома. Хан, как и каждый богатый мусульманин, мог иметь четырех законных жен и неограниченное количество так называемых одалисок — наложниц. Гарем пополнялся ими непрерывно. Это были преимущественно молодые черкешенки или грузинки, захваченные во время набегов или купленные на невольничьих рынках.

Гарем Хан-Сарая в конце XVIII в. состоял из 73 комнат. В 1818 г., к приезду Александра I, семьдесят обветшалых комнат были снесены. Поднявшись по деревянной лестнице на террасу гарема, можно осмотреть три комнаты и беседку для отдыха, интерьер которых воссоздан предположительно. Комнаты освещались окнами в два яруса. Нижние имели двойные рамы с вставленными между ними решетками. В первой комнате находится оджак—камин. Потолки и стены третьей комнаты были расписаны, вероятно, в XIX в. Тогда же, по-видимому, вставлены цветные витражи.

Гарем обнесен каменными стенами высотой до восьми метров. Над южной стеной гарема возвышается Тоган-Кулеси — Соколиная башня. По всей вероятности, она была возведена в 60-х годах XVIII в. Нижняя часть башни, четырехугольная в плане, построена из бутового камня на глиняном растворе и оштукатурена. Верхняя часть, шестиугольная, сделана из дерева. Крыша покрыта черепицей. Название башни связано с тем, что в ее нижнем этаже находились ханские охотничьи соколы.

Внутри башни вдоль стен поднимается деревянная лестница, ведущая на площадку, огороженную деревянной решеткой. Отсюда евнухи просматривали территорию гарема, а ханские затворницы, будучи невидимыми извне, наблюдали за вступающими в город войсками или за въездом иностранных послов.

В 60-е годы XVIII в. сооружена и отделана все тем же Омером одна из интереснейших комнат Хан-Сарая — гостиная. Двадцать четыре окна опоясывают три стены гостиной. В западную стену встроены два больших шкафа для посуды. Между ними — камин. Над камином и поверх карниза находятся лепные (выполненные из алебастра и других материалов) фрукты: груши, персики, сливы, гранаты, а также надрезанные дыня и арбуз. Центр потолка черного цвета. С ним контрастирует резьба по дереву с позолотой. С потолка свисает люстра конца XVIII в.

Под карнизом, опоясывая всю гостиную, тянется арабской вязью льстивая надпись в стихах (перевод прозаический): "Да наслаждается ежеминутно шах при милости аллаха удовольствиями; да продлит аллах жизнь его и счастье. Крым-Гирей-хан, сын высоко-Степенного Девлет-Гирея, источник мира и безопасности, правитель мудрый. Смотри! Вот державная его звезда взошла на горизонте славы и осветила целый мир. Краса Крымского престола, повелитель великого царства, рудник кротости и великодушия, тень милости аллаха (на земле). Друзья его — щедрость и великодушие. Покровитель природных дарований, щедрый до расточительности..." и т. д. в том же духе. Панегирик этот датируется 1764 г. Воспетое в нем "миролюбие" Крым-Гирея совсем не вяжется со строками на его памятнике, сочиненными в 1769 г. придворным поэтом Эдибом (может быть, он же и автор приведенной выше надписи): "Война была ремеслом знаменитого Крым-Гирей-хана..."

Гостиная Крым-Гирея расположена над летней беседкой — так называемой "Альгамброй"(Альгамбра — старинная мавританская крепость в Испании, славившаяся своими беседками и фонтанами). В центре беседки, построенной во второй половине XVIII в. Омером, находится фонтан с квадратным мраморным бассейном. Вначале беседка была открытой, и по ее колоннам вился плющ. При ремонте Хан-Сарая в начале XIX в. ее застеклили и украсили резным потолком. В 1962 г. при реставрационных работах была открыта первоначальная роспись: группы кипарисов, воздушные мостики, беседки, домики.

Из "Альгамбры" есть выход в небольшой закрытый садик, общая планировка которого, а также каскадный фонтан с бассейном несут на себе следы персидского влияния. Резная мраморная плита фонтана имеет сходство с плитой, украшающей фонтан Сельсебиль ("Фонтан слез"), однако установлена она позже. К нижнему бассейну пристроены фрагменты другого, более древнего фонтана, изображающие растительный орнамент и резвящихся рыб. Весной в садике цвело множество гиацинтов. Летом и осенью его украшали виноградные лозы сорта асма (по-татарски — "висячий"), которые растут шпалерами и образуют крытые ходы.

Вне дворца, у дороги, ведущей в Староселье (Салачик), высится мечеть Тахталы-Джами. Ее название в переводе означает "устланная досками", "из досок", так как при строительстве было использовано много деревянных конструкций. Это самая старинная мечеть на территории города. Судя по надписи над входом, сооружена она в 1707 г.